Villarroya de los Pinares, población de frontera en época de la reconquista, fue entregada por Alfonso II a la Orden militar de San Juan de Jerusalén, en 1190, incorporándose a la bailía de Cantavieja. Con el declive político de las órdenes militares pasa a pertenecer a la sobrecullida de Montalbán (1446-1495), a la vereda de Teruel (1646) y al corregimiento de Alcañiz (1711-1833). En 1834 se constituye como Ayuntamiento, primero del partido judicial de Aliaga y, a partir de 1965 de Teruel.

Hasta 1609 su denominación es la de Villaroya, pasando en este año a llamarse Villarroya de los Pinares.

Otros núcleos de población históricos del término municipal son las masías de El pinar, Las Lomas, Término Alto y Término Bajo.